Sim, faz diferença. Em um forno convencional (mesmo um com um ventilador de convecção), qualquer coisa colocada no rack inferior absorverá menos calor de radiação do elemento do forno. Isso significa tempos de cozimento mais longos e, possivelmente, a necessidade de uma temperatura mais alta.
Se você está seguindo uma receita, então é melhor usar qualquer rack que a receita diga. Se a receita não especificar, geralmente é projetada para o suporte central.
Agora, usar um rack diferente é completamente diferente de realmente colocar uma coisa em cima de outra coisa, em um rack mais alto. Isso terá um efeito significativo em tudo o que estiver por baixo, e se for particularmente sensível ao tempo e temperatura (muitos produtos assados são) então é muito provável que falhe completamente. Certa vez, tentei assar duas camadas de creme e os que estavam no fundo ainda estavam praticamente crus quando o topo estava pronto. Eu duvido que você encontraria sucesso muito melhor com bolos.
Um ventilador de convecção pode ajudar neste caso, mas eu ainda não acho que seja suficiente para compensar o gradiente de temperatura que você cria "eclipsando" um prato embaixo de outro no mesmo forno . Você está literalmente bloqueando o calor de alcançar o prato de fundo.