O propósito da água é cozinhar lentamente o creme de ovos - essencialmente, a caça. Ele faz um seguro contra o superaquecimento e a quebra.
Suspender o cheesecake sobre a água não teria o mesmo efeito - o vapor pode ficar mais quente do que a temperatura coagulante dos ovos. Seria uma massa térmica que poderia nivelar alguma variação de temperatura em seu forno e manteria as coisas úmidas. Se o seu forno está funcionando bem, esses efeitos não são necessários.
Muitas receitas de cheesecake não tiram o seguro de banho-maria. Minha opinião é que a suspensão do bolo acima da panela não seria útil.