Eles devem estar bem.
É possível que eles fiquem um pouco tolos ou apenas um pouco mal passados. Os lados altos da panela podem proteger os cookies do calor, só um pouquinho. As panelas de vidro absorvem um pouco mais de calor e, portanto, demoram apenas um pouco mais para aquecer - parcialmente equilibradas pelo fato de demorarem um pouco mais para esfriar e, assim, carregar um pouco de cozimento residual. Ambos os efeitos devem ser mínimos, mas os cookies são cozidos por um curto período de tempo, então a diferença pode ser perceptível de uma forma que os pratos mais longos jamais notariam.
Se você olhar seus cookies, em vez de apenas retirá-los quando o tempo acabar, você deve notar se eles precisam de um toque mais assando (eu diria que talvez um minuto de tempo extra, se houver) ... Claro, você provavelmente deveria estar fazendo isso de qualquer maneira, especialmente se você quiser cozinhá-los ao seu estilo desejado (se você preferir um pouco mais suave ou um pouco mais nítido, por exemplo). O escurecimento claro nas arestas ou nos sulcos deve ser uma boa dica para o acabamento.