Isso pode ser explicado por ninguém menos que Harrison Wells.
No décimo primeiro episódio da segunda temporada de The Flash, ele explica que, embora o futuro tenha sido alterado, o futuro muito posterior ainda tem que acontecer para que os eventos ocorram como aconteceu no passado.
(basicamente, "coisas tem que acontecer, então o que aconteceu, ainda pode ter acontecido).
O Flash Reverso é do futuro, onde o mundo foi salvo por heróis que foram recrutados pelo Rip Hunter. Para os heróis existirem como eles, o Flash Reverso deve ter vindo do futuro para moldar eventos no passado.
Então, de certa forma, o futuro sendo salvo pelos Heróis de Amanhã só poderia existir porque eles salvaram o futuro e permitiram que o Flash Reverso existisse como ele faz.