O mapa JR vinculado na questão é uma das seções mais fáceis da estação para navegar, na minha opinião. Eu tenho me "reorientado" nas áreas subterrâneas mais vezes do que eu gostaria de admitir, e às vezes é mais fácil ir lá fora, encontrar um marco e caminhar nessa direção.
Existe um mapa de todas as plataformas (JR, Keio, Odakyu, Toei e Metro) aqui
mas não conheço nenhum mapa abrangente das áreas não relacionadas à plataforma.
Acabei de encontrar um bom conjunto de mapas subterrâneos no Yahoo Japan. Eles são todos em japonês, no entanto. O "Subnade" é o terceiro mapa nessa página, enquanto outras áreas sob Shinjuku estão nos mapas # 4-7.