Sim, é perfeitamente seguro (contanto que você continue a descongelar a carne de maneira segura, como na geladeira).
A marinada não começará a ter muito efeito até que pelo menos as camadas externas da carne sejam descongeladas, mas de outra forma não terá nenhum efeito colateral. Pode obter uma penetração ligeiramente melhor devido às mudanças na textura da carne dos cristais de gelo, mas o efeito deve ser insignificante na melhor das hipóteses.
Na verdade, você pode congelar a carne em sua marinada, se quiser, e saber o que vai usá-la quando der descongelar. Ele obterá o benefício do tempo de marinagem até que as camadas externas fiquem congeladas e, novamente, durante o descongelamento.