Sim, o macaco pode subir em uma árvore
Regras como escritas (RAW), é válido ler a magia polimorfa como restringindo o que alguns animais podem naturalmente fazer. Por exemplo, a Águia Gigante é uma das poucas feras que falam uma língua (especificamente, pode falar "Águia Gigante"). No entanto, acho que seria válido dizer que uma criatura polimórfica em uma Águia Gigante não poderia falar essa língua, porque o feitiço diz "não pode falar".
No entanto, como o feitiço não diz de forma semelhante que "não pode usar mãos", temos algumas brechas que permitem que o Giant Ape tome (a maioria) ações que ele poderia fazer naturalmente. As lacunas são as seguintes.
1.) Escalar não "requer mãos"
O polimorfo afirma que (negrito adicionado para ênfase):
The creature is limited in the actions it can perform by the nature of its new form and it can't speak, cast spells, or take any other action that requires hands or speech.
Escalada não requer mãos. Muitas criaturas (como gatos, lagartos e certos pássaros como pica-paus) sobem sem elas, e não há nada cru que exija que as mãos sejam livres ou usadas ao escalar. O feitiço não diz que a criatura não pode usar suas mãos para qualquer ação: diz que não pode tomar nenhuma ação que "requeira mãos " . Assim, o macaco não podia agarrar uma criatura com sua ação (que RAW requer o uso de "pelo menos uma mão livre" [PHB, p. 195]), mas certamente poderia subir (o que não requer mãos sob as regras).
2.) Escalada não é uma "ação": é uma espécie de movimento
Mais uma vez, o polimorfo afirma:
The creature is limited in the actions it can perform by the nature of its new form and it can't speak, cast spells, or take any other action that requires hands or speech.
As regras de escalada não exigem uma ação para escalar. Eles são encontrados na página 182 do Livro do Jogador, na seção "Tipos Especiais de Movimento".
Existem variedades de escalada que exigem uma ação (como escalar uma criatura maior, DMG p. 271), mas sua pergunta foi especificamente sobre o simples ato de subir em uma árvore. E mesmo que a escalada exigisse uma ação, o primeiro ponto (que não "exige mãos") ainda tornaria uma coisa válida para uma criatura polimórfica em forma de macaco.