É uma daquelas coisas vagabundas e vagabundas.
Eles não precisaram descobrir sobre Melody Pond na época em que Amy estava grávida; eles poderiam descobrir em qualquer momento posterior e depois voltar e (tentar) projetar a linha do tempo da maneira que eles queriam.
Pode muito bem ser que eles descobriram sobre Melody Pond porque o arqueólogo River Song foi enviado para a prisão por matar um homem muito bom, e então partiu para sequestrar a criança e transformá-la em um assassino. Tipo de causa & loop fechado de efeitos.