Sim, você pode fazer mussarela com leite pasteurizado. Você vai querer evitar o leite "ultra-pasteurizado", se possível.
O motivo pelo qual o leite ultra-pasteurizado deve ser evitado para a produção de queijos é porque o calor extremo desnatura as proteínas e elas não se solidificam em coalhada.
Isso é baseado nos EUA, mas é informativo:
"The minimum legally required temperature for pasteurization [145°F], basically has no effect on the protein," explains Metzger. "But when you get to the 170, 175°F point, the casein and the whey proteins actually start to interact with each other." Those whey proteins, he elaborates, "are similar to the proteins in eggs—when they get too hot, they start to aggregate, and they take the casein proteins with them. What you're left with are proteins that won't coagulate into the kind of curds needed to stretch mozzarella cheese." (Source)