Em D & D 3.5, se um personagem estiver nadando, flutuando ou submerso, ele afeta furtividade, CA, ataques, danos e movimento. Estar debaixo d'água também afeta feitiços baseados em fogo e efeitos similares a magia (como você mencionou). Não há menção no DMG de efeitos sobre outros tipos de energia (DMG p. 93). Os outros efeitos de combate estão listados na Tabela 3-22.
No Pathfinder, as regras para fazer ataques e afetar o AC diferem do 3.5 (consulte o Pathfinder Core, p.432). Magias com o descritor [Fogo] requerem um teste de nível de conjurador (CD 20 + nível da magia) para conjurar; efeitos de fogo sobrenaturais são ineficazes a menos que a magia diga o contrário, e a superfície bloqueia a linha de efeito. Além disso, uma criatura que não pode respirar água deve fazer um teste de concentração (DC15 + nível de magia) para lançar qualquer feitiço debaixo d'água. "Algumas magias podem funcionar de maneira diferente debaixo d'água, sujeitas à discrição da GM."
Então, a resposta curta é "não, não há" - pelo menos não nas regras básicas.