Encontrei a resposta no página de FAQ da SNCF sobre o TGVAir :
Je suis adhérent(e) aux programmes de fidélité de la compagnie aérienne et de TGV, lequel s’applique ?
Votre billet est assimilé à un billet aérien, c'est donc le programme de fidélité de la compagnie aérienne qui s'applique.
O que é mais ou menos traduzido como seu ingresso é considerado um bilhete aéreo, portanto, é o programa de fidelidade da empresa aérea que se aplica
Assim, deve ser possível creditá-lo à Flying Blue para um voo da Air France ( notas da resposta de Andra sobre isso não muitas vezes sendo automático suportando), mas não é possível creditar as pernas do TGV ao programa SNCF Voyageur.