Nota: Isso é especulação baseada no que sabemos sobre a maldição e as histórias de personagens dentro do programa. As circunstâncias exatas da fuga de Baelfire de Neverland não foram realmente mostradas (e podem lançar mais luz sobre seu relacionamento com a maldição - lembre-se, foi feito apenas para encontrá-lo), e estamos atualmente no intervalo da meia temporada imediatamente depois que a maldição foi quebrada - então uma resposta definitiva provavelmente virá depois que a temporada recomeça em março.
Dito isto: Ele pode ou não ter sido mandado de volta para a Floresta Encantada - ainda não sabemos ainda , mas espero que ele tenha sido enviado para outro lugar em nosso mundo.
Regina disse que ela poderia dar lembranças Emma de não ter desistido de Henry - por isso sabemos que Neal ainda deixou Emma em suas memórias. Ele a deixou por causa da mensagem de Pinóquio, e Pinóquio, como Emma, não foi afetado pela maldição devido a ter passado ao mesmo tempo que ela.
Assim, todos os três poderiam facilmente manter suas verdadeiras memórias até o ponto em que Emma desistiu de Henry, sem entrar em conflito com as condições de quebrar a maldição.
Parte da quebra da maldição está apagando a memória de todos - inclusive a de Emma, que nunca foi afetada em primeiro lugar. Então isso incluiria Pinóquio e Neal, que agora viveriam em nosso mundo sem lembrar-se de Storybrooke. E já que o Sr. Gold efetivamente não existia, a memória de Neal de encontrar Henry e Emma novamente provavelmente também foi apagada.
Com tudo isso verdadeiro, ele ainda moraria em Nova York e não tem idéia do que aconteceu com a mulher que ele deixou todos aqueles anos atrás.
UPDATE: a partir de 3x12, partes desta resposta foram invalidadas, mas a parte "por que" da pergunta ainda não está completamente clara:
Neil/Baelfire did get sent back to the Enchanted Forest. We don't yet know about Pinocchio/Austin. Neil's apartment in New York City was not only untouched, but Henry's camera was still there, too, after he left it behind the first time.
So at the moment, breaking the curse appears to have directly affected only things within the Storybrooke town limits, with the exception of Henry and Emma. Neil/Baelfire was within town limits, and so he was affected, but it's not clear why he couldn't have just left with Emma and Henry.