Medirá a temperatura do próprio vidro, mas não necessariamente de maneira precisa. A maioria dos vidros é em grande parte opaca para IR, mas irradia IR do seu próprio baseado na temperatura.
O truque com termômetros infravermelhos é que eles estão adivinhando a temperatura de um objeto, fazendo uma suposição sobre o quanto IR (Radiação Infravermelha) esse objeto vai irradiar quando é uma certa temperatura. Termômetros infravermelhos mais baratos têm o que é chamado de "emissividade fixa", o que significa que eles sempre assumem que o objeto que você está medindo está irradiando 95% da radiação que seria teoricamente emitida se fosse um objeto perfeito para o corpo negro. Uma emissividade de 95% (ou 0,95) é um bom começo para a maioria dos objetos domésticos - tecidos, superfícies pintadas, etc.
Onde ele quebra é com coisas como metal brilhante, vidro, líquidos, etc. Para esses objetos, a quantidade de radiação liberada em uma dada temperatura é maior ou menor do que a esperada 0,95. Panelas de metal brilhantes, por exemplo, podem ser tão baixas quanto 0,2, o que significa que a temperatura exibida será muito menor que a temperatura real.
Você pode usar tabelas de valores de emissividade para corrigir sua leitura de temperatura, como aqui: link (Observe que, para esta tabela, use os 8-14 mícrons coluna).
Isso tira a maior parte da conveniência do termômetro, mas é uma referência útil. Quanto mais próxima a emissividade de um objeto for de 0,95, mais preciso será o seu termômetro. Você pode melhorar a precisão pintando uma área totalmente preta ou até usando um pedaço de fita adesiva colada no objeto para criar um bom "ponto de leitura". Os termômetros mais sofisticados permitem que você defina a emissividade, e até os mais sofisticados permitem que você se autocalibre com um complemento de termômetro de contato.
Para voltar à pergunta original, o vidro tem uma emissividade de cerca de 0,75-0,85, o que significa que a temperatura medida será um pouco menor que a temperatura real. Naturalmente, mesmo uma temperatura de vidro precisa não diz muito sobre a temperatura real do forno. Minha superfície favorita para fazer a medição é a minha pedra de pizza, que é apenas cerca de 0,95, perfeita para leituras precisas.