Sem fotos, é difícil dizer com certeza, mas isso não parece malte. O xarope de malte (cevada sendo o grão padrão usado para o malte) é bastante escuro (entre mel e melaço colorido), mas também é transparente e seria dissolvido na massa. O malte em pó não é significativamente mais escuro que a farinha, e deve ser distribuído uniformemente através dos outros ingredientes secos. Nenhum deles é usado como um "agente de escurecimento", além de ocasionalmente ser usado para escurecer o crosta do pão ligeiramente . Como rumtscho aponta nos comentários, há um "malte de centeio" que é usado como agente de escurecimento em alguns pães tradicionais. Se isso for usado, pode ser um pedaço que não foi misturado? Um agente escurecedor muito mais comum seria a cor do caramelo, que ainda é pouco provável que leve a caroços escuros, pois se dissolve facilmente na água.
Dependendo do tipo de pão, pode ser um grão de algum tipo de grão (centeio talvez?) ou um pedaço de farinha desidratada. Sem mais detalhes, não há como dar uma resposta definitiva, mas não parece malte.