Eu assumo que você tem um passaporte australiano que você pode usar para viajar para Malta sem nenhum problema, contanto que não seja mais do que 90 dias. Agora a questão é voltar para o Reino Unido. Uma coisa que eu sei do meu amigo que costumava estar na mesma posição que você (ele se casou com uma garota inglesa) é que, se o oficial de imigração não achava que seu casamento era uma farsa. Eles não perguntariam onde está seu marido. Ou eles podem perguntar como você conseguiu o cartão de residência. E contanto que você possa fornecer a eles uma resposta honesta, eles podem pelo menos fazer perguntas (não estou dizendo que eles não podem rejeitar sua inscrição). Mas é improvável que, se o seu marido estiver fora do país e você seja rejeitado. Então, eles podem perguntar o que você está fazendo no Reino Unido e por quanto tempo. Você pode simplesmente dar-lhes uma resposta honesta.
E como você é australiano, você pode vir para o Reino Unido com o seu passaporte australiano de qualquer maneira. Então, não vejo nenhum problema para você viajar para Malta e voltar para o Reino Unido.
Uma coisa a notar é que, se você quiser solicitar um passaporte britânico, não deve ficar fora do Reino Unido por mais de 180 dias em 5 anos.