Bem, como um todo é sempre FAR 91.3, que diz que o piloto em comando pode se desviar de qualquer regulamento, se julgar necessário em tempo de emergência, a fim de operar com segurança e pousar a aeronave. Obviamente, há um limite razoável para isso e você será solicitado a apresentar um relatório à FAA sobre o que aconteceu, então esteja pronto para defender suas ações.
Eu não posso comentar sobre os procedimentos das companhias aéreas, mas tenho que assumir que existe um plano para esse cenário, pois é muito provável que isso aconteça em algum momento. Acredito que outro membro da equipe seria solicitado a ajudar com tarefas simples, como ler listas de verificação, como você mencionou.