Ninguém colocou partes do dispositivo em nosso universo.

Eu não sei o quanto de Fringe Season 3 você já viu, então vou usar blocos de spoiler liberalmente.

Você está fazendo duas suposições incorretas:

• que o dispositivo foi criado algum tempo antes do presente;
• que o dispositivo, ou partes dele, foram colocados em nosso universo por agentes do universo paralelo.

Descobrimos no episódio "O dia em que morremos" que a máquina existe em um

predestination loop.

Não existem os chamados

"First People" who designed and built the machine.

De fato,

Walter is the designer of the machine, and he sends it back in time through a wormhole.

Ele envia a máquina

to the distant past before the divergence of the two universes, which lead to the existence of two machines (or rather, two parallel sets of pieces) once the universes diverged from one another.