Eu já vi isso acontecer mais de uma vez. Embora eu não conheça toda a teoria por trás disso, cada vez que aconteceu, havia algo logo abaixo do buraco, vamos chamá-lo de "caroço".
O que eu acho que acontece é que o caroço é muito pesado. Quando a massa abaixo dela tenta se erguer, ela não tem força para empurrar o caroço para cima. Isso poderia ser combinado com diferenças na transferência de calor em toda a massa versus a transição massa-protuberância na prevenção do aumento (estou certo de que elas existem, mas não sei se elas têm algum efeito). O resultado é um buraco em que o batedor não se elevou, cercado por uma massa levemente elevada.
De onde vem o caroço: você diz "bolo de chocolate e pêra". Se você tem pedaços de pêra na massa, logo abaixo da superfície, eles podem fazer isso. Eu certamente vi isso acontecer quando a receita inclui pedaços de frutas na massa. Se não houver pedaços de pera, meu segundo palpite é farinha muito dissolvida. As instruções para este tipo de bolo normalmente incluem dobrar os brancos com muita delicadeza, e geralmente errar no lado de pouca agitação. Isso poderia contribuir para a textura irregular da massa, resultando em caroços.
No segundo caso, o bolo pode ter algumas peças menos agradáveis, mas ainda será bom. Se for fruta, os buracos são puramente um problema cosmético. Portanto, não há muito mal causado de qualquer forma, a menos que você esteja disputando um prêmio em uma competição de panificação.