Você pode voar sem sua bagagem, sua bagagem pode voar sem você se não conseguir fazer a conexão que você fez, é feito com frequência.
Acho que é um erro de companhia aérea que eles não querem admitir, agravado pelo fato de haver duas companhias aéreas envolvidas.
Parece que você já fez muito para pedir uma indenização, e conseguiu mais do que inicialmente fez, mas pode ser que você consiga espremer um pouco ou até muito mais deles indo a público, no twitter ou em algum outro site. ou usando uma organização de proteção ao consumidor.
Como isso é algo raro, acho que não há uma compensação padrão nas companhias aéreas, pode haver um padrão da empresa.
Se você não está feliz com a compensação que recebeu até agora, mas não quer ir a público, pode escrever uma carta, enviá-la por escrito e pedir a devida compensação.
Quanto mais oficial você fizer a carta, melhor será sua impressão e, até onde eu entendi, é mais provável que sua carta seja levada a sério.