Um transporte em andamento pode ser bloqueado ou parado pela ponte?

Na verdade, há um exemplo da ponte sendo capaz de anular um transporte em andamento. No episódio da Voyager Mortal Coil Neelix tenta transportar o navio, desmaterializa-se e, em seguida, o transporte está bloqueado e ele reaparece no bloco de transporte.

[Bridge]
KIM: Captain, someone's trying to initiate an unauthorized transport. It's Neelix.
JANEWAY: Where's he going?
KIM: Looks like he's trying to beam into the nebula.
JANEWAY: Stop him. Janeway to Neelix. Neelix, respond.

[Transporter Room]
JANEWAY [OC]: Neelix, I order you to disengage transport.

[Bridge]
KIM: He's found a way to block the abort sequence. Transport's in progress.
JANEWAY: Override it! Get him back!

[Transporter Room]
KIM [OC]: Bridge to Chakotay. We've blocked his transporter signal.

Na verdade, sim. Existem várias instâncias de um transporte sendo interrompido no meio do processo no TOS, no TNG e também no VOY e no DS9.

Normalmente, a cena seria assim: A equipe visitante se prepara para desviar e pisa na plataforma. O transportador é ativado e os efeitos da luz estão ocorrendo, então o operador do transportador encontra um problema e interrompe o transporte. Na maioria das vezes, um oficial desce da plataforma perguntando "O que aconteceu"? e examinar os controles. Isso também acontece no sentido inverso, ao tentar enviar alguém a bordo.

No filme há uma cena no início, onde dois membros da tripulação estão prestes a embarcar ... no mau funcionamento do transportador. Apesar das melhores tentativas de Scotty e da estação terrestre parar o transporte, os dois tripulantes morreram. Transcrição aproximada da cena tirada de algum lugar na internet:

Rand: Do you read me Starfleet? Override us. Pull them back!
Kirk: Give it to me. Starfleet, boost your matter gain, we need more signal! More signal!
Scotty: We're losing their pattern.
Rand: Oh, no! They're forming!
Kirk: Starfleet, do you have them?
Starfleet: Enterprise...what we got back didn't live long...fortunately.

Então, sim, um transporte pode ser cancelado.

Então, por que tirar essas pessoas desagradáveis? Um transporte leva cerca de 3 a 5 segundos, se assumirmos que o alarme dispara no momento em que o transporte está começando, então não há tempo suficiente para reagir. Ouvir o alarme, proclamar o que está acontecendo, aguardar ordens e executar essas ordens leva muito tempo.

É para ser inferido que sim, pode, se não houver blocos no lugar. Em ST: Voyager S01E11, ' Estado do Fluxo ', aos 41:38 marca:

 JANEWAY: Minor technology that could change the balance of power in this quadrant.
 SESKA: Change it in our favour! That is all that matters at this point. Building a
   base of power in this quadrant. You are a fool, Captain, and you're a fool to follow
   her. I can't imagine how I ever loved you. Computer, command XJL.
 (Seska beams out.) 
 CHAKOTAY: Computer, override transport in progress.
 COMPUTER: Unable to comply. Security lockout is in place.
 JANEWAY: Computer, identify destination of transport.
 COMPUTER: A Kazon vessel fourteen kilometres off the port bow.

Agora, lembre-se de que, conforme o Transporter verifica, ele também desmaterializa o assunto:

Next, the lifeform or object to be beamed was scanned on the quantum level, using a molecular imaging scanner. At this point, Heisenberg compensators took into account the position and direction of all subatomic particles composing the object or individual and created a map of the physical structure being disassembled, amounting to billions of kiloquads of data.

An active phaser caught in the transport process Simultaneously, the object was broken down into a stream of subatomic particles, also called the matter stream. While certain types of energy could be transported safely, active phaser beams would be disrupted during this breakdown process. (TNG: "Datalore") The matter stream was briefly stored in a pattern buffer while the system compensates for Doppler shift to the destination.

Meu exemplo (possivelmente o único), no topo, de uma tentativa de comandar o aborto de um uso médio do Transporter foi aquele em que eles poderiam ter se importado menos [er] sobre a saúde / destruição resultante do assunto.

Aha! não o que eu estava procurando inicialmente, mas acho que é bom o suficiente.

ST: Voyager, segunda temporada, episódio 11: "Manobras"

Cerca de 39 minutos no episódio B'Elanna transporta Chakotay para longe do navio Kazon, podemos ver Chakotay se materializando, mas depois ele desaparece.

B'Elanna explica que o Kazon modulou novamente o campo de amortecimento e bloqueou o transporte.