A Seção 31 é uma organização clandestina autônoma, ou seja, eles obtêm seus próprios recursos por seus próprios meios.
Pense nisso como a parte clandestina da CIA ou de qualquer outra agência similar. A CIA é fundada pelo governo, mas também tem operações clandestinas de produção própria, como já foi provado várias vezes.
Como Solan sugere, o S31 tem contatos suficientes dentro da Frota Estelar para acessar os recursos e equipamentos necessários quando a situação o exige.
Observe também que a produção excessiva de espaçonaves deles aumentaria significativamente o risco de que as atividades do S31 fossem descobertas em uma escala suficientemente grande para que a Federação fosse obrigada a tomar uma posição oficial a respeito delas.