Eu diria que isso depende. Eu acho que quando você congela um item, o sabor / textura / propeties do item é alterado (para melhor ou para pior) na próxima vez que você for usá-lo.
Se você estiver usando cebola caramelizada em uma sopa ou ensopado, algo em que os sabores se misturam por um longo período de tempo, então sim, vá em frente.
no entanto, se você estiver usando as cebolas caramelizadas em cima de um bife ou algo similar. Então minha resposta seria não.