Tem certeza de que ela sabe que está desativado?
Até onde eu vi, depois que o Coringa desativou seu implante, o texto que ele enviou era apenas "chegou a hora, vem agora" ou algo assim - ela veio porque ela confiava nele, não porque ele enviou detalhes do que ele fez para faça ela segura. E eu não sei quanto dos detalhes disso poderia ter surgido na conversa antes de se separarem novamente.
Ela pode não saber que o dispositivo foi desativado, ao contrário de temporariamente suprimido. Ela pode não saber, se o dispositivo estava realmente desativado, se Waller, etc., tivesse conseguido ligá-lo novamente a qualquer momento (pelo menos, não saberia até que fosse tarde demais). Então ela agiu como se fosse uma ameaça novamente, porque ela não tinha uma razão para saber que não era.
Além disso, lembro que a equipe reagiu porque tem medo das bombas, mais cedo no filme - alguns exemplos de "se ele morrer, nós morremos" para fazê-los se mexerem, e tal. No momento em que o dispositivo é desativado, ela tem uma conexão com Deadshot e Diablo, e então volta e fica para vigiar suas costas e porque se Joker fosse embora, ela não teria para onde ir - e ela vai para a luta final porque ela é persuadida, não tem medo. Isso cobriria a maioria de suas ações depois que o implante foi desativado, até o final e voltar à custódia. Isso é mais complicado de explicar se ela soubesse que o dispositivo estava desativado, mas pode ser explicado pela ameaça a seus novos amigos (com quem ela parece se importar agora), o suborno da máquina de café expresso que Waller lhe deu e a possibilidade dela não tinha certeza se o dispositivo foi ou poderia ser reativado em algum momento.