Sim. Considero parte do meu trabalho como GM garantir que as aventuras em que meus PCs se envolvam joguem com seus pontos strongs e desafiem suas fraquezas, e as tornem relevantes para suas origens. Eu acredito que é injusto permitir que um jogador invista em uma habilidade apenas para que ele raramente apareça durante o jogo, por exemplo.
Se eu fosse você, eu consideraria a situação que você descreve em sua pergunta de maneira similar, e realmente encorajaria os jogadores a tentar combinar o design de seus personagens com as demandas das aventuras que estão enfrentando. Sim, é um pouco 'meta', mas acho que isso é uma coisa perfeitamente válida se isso significar que o novo PC é mais relevante para a história de alguma forma.
Por exemplo ... Então, o anão quer odiar elfos em vez dos típicos orcs? Use isso como uma oportunidade. Peça-lhes para explicar porque é esse o caso. O que aconteceu no passado desse personagem que os fez se sentir assim? Pense em como você pode tecer esse detalhe de volta à aventura.
Quanto a se preocupar sobre como os outros jogadores podem se sentir se você permitir isso. Você já perguntou ou isso é uma suposição que você está fazendo? Eu sei que não é algo que eu teria um problema como jogador, mas as opiniões dos outros podem ser diferentes. Se o fizerem, discuta-o com eles e, talvez, faça um compromisso apropriado.