Sim, há (geralmente) uma diferença significativa de gosto entre a mostarda integral e a mostarda amarela regular. A textura faz parte dela, mas é secundária à diferença geral de sabor.
Eu digo geralmente porque há muita variação em cada um, e alguns extremos de um tipo podem se aproximar de alguns extremos do outro tipo no sabor.
A mostarda amarela é geralmente muito leve, e o vinagre tem um papel muito strong no sabor.
A mostarda integral é geralmente mais strong que o amarelo, e o sabor do vinagre é muito menos pronunciado, se não ausente. Em muitas situações, um tipo pode geralmente ser substituído pelo outro, embora seja uma questão de preferência pessoal, e muitas pessoas argumentam que alguns usos da mostarda são apropriados para um tipo, mas não o outro (por exemplo, Eu nunca usaria mostarda amarela como condimento para queijo e biscoitos, mas usaria uma mostarda integral para alguns tipos de queijo).