Como sugerido nos comentários, há um conto de David Brin, A Coexistência do Rio do Tempo a>, isso é semelhante a isso. No entanto, tem algumas diferenças importantes. Especificamente, o protagonista principal é um escritor de ficção científica chamado Daniel Brand, não uma menina, não há tema de superpopulação e os alienígenas não são mencionados.
O primeiro sinal da mudança é que as pessoas aparentemente entram em coma, e a condição é chamada ComaSlow.
I don't think anyone knows exactly when it began. It seemed a fatal disease, at first. Dozens, possibly hundreds, were buried or cremated before the ComaSlow epidemic was recognized for what it was.
...
These corpses remained warm. Under careful scrutiny, they were found to consume oxygen and give off carbon dioxide. Their stiffness shared only one attribute with rigor mortis… an adamant resistance to motion.
Percebe-se que o ComaSlow está experimentando o tempo muito lentamente quando eles começam a escrever mensagens (muito lentas). A aceleração do tempo acontece mais tarde:
The new phenomenon began, a month after the onset of the ComaSlow epidemic, with a series of very strange deaths—or rather "disappearances." People simply vanished. Poof.
Como você diz na pergunta, o problema é resolvido organizando-se em diferentes áreas:
Somehow we sorted things out. More people went fast or slow. We started dividing the cities into zones set aside for each speed. A barter economy developed, with computers used for communication.
Mas a história termina com uma discussão sobre a filosofia do tempo. Os seres humanos super rápidos não evoluem e deixam a Terra.