Não, você não pode transferir feitiços preparados como Clérigo para o seu livro de feitiços
Logo acima do texto que você mencionou, a barra lateral no PHB explica
When you find a wizard spell of 1st level or higher, you can add it to your spellbook if it is of a level for which you have spell slots and if you can spare the time to decipher and copy it.
O fato de o livro explicitamente dizer que contém feitiços de mago é o assassino aqui. Magias que você prepara como um clérigo não são feitiços de mago. Eles são feitiços clericais, mesmo que estejam na mesma lista de magias.
Sabemos disso por causa das regras para conjuradores multiclasse (PHB pg. 164)
Each spell you know and prepare is associated with one of your classes, and you use the spellcasting ability of that class when you cast the spell. Similarly, a spellcasting focus, such as a holy symbol, can be used only for the spells from the class associated with that focus.
A partir disso, estabelecemos que seus feitiços preparados como clérigos são "Feitiços de Clérigo", pois são preparados como clérigos e lançados como clérigo; não como um mago. E os seus feitiços preparados pelo seu livro de feitiços são "feitiços de feiticeiro" por um motivo similar. Mesmo que os dois apareçam na mesma lista de feitiços, cada feitiço que você preparou está associado apenas a uma de suas classes.
O PHB explica que, ao copiar feitiços de um livro de feitiços para um livro de feitiços:
This is just like copying a new spell into your spellbook, but faster and easier, since you understand your own notation and already know how to cast the spell.
Se copiar de livro em livro é o mesmo que adicionar novas magias, exceto mais rápido, então sabemos que você só pode transferir magias de feiticeiro, pois você só pode copiar novas magias de feiticeiro no livro de feitiços.
Finalmente, como você apontou:
you can use the same procedure to transcribe the spells that you have prepared into a new spellbook
O procedimento em questão é o mesmo que copiar sobre uma nova magia ou uma mágica de um livro para outro. Ambos os processos requerem que as magias do assistente funcionem. Assim, apesar de copiar uma magia da memória não adicionar especificamente nenhuma nova restrição, ela não elimina explicitamente a limitação geral do procedimento; a precondição de que a magia em questão é uma magia de mago.