A primeira resposta é que sim, eles provavelmente irão se nivelar.
Mas se isso se repete depende da fonte do lodo. Simplesmente apagar as linhas uma vez provavelmente não resolverá o problema original.
Se você puder descobrir a origem do lodo, pode haver remédios como filtros de assentamento (como os usados em piscinas).
Você também pode considerar uma tubulação de tamanho maior.
Sem mais informações, é difícil dar uma resposta precisa.
Boa sorte!