Regra geral: sul = ruim . Se você estiver em uma pequena ilha em Okinawa quando um grande tufão passar, você ficará preso por alguns dias, porque todos os voos e balsas vão parar. Mas se você estiver em qualquer lugar nas ilhas principais (incluindo lugares como Kagoshima, que ainda está em uma linha Shinkansen e não particularmente "remota"), você provavelmente está bem, porque você receberá alguns dias de aviso e poderá obter no tempo.
Os tufões também não são um problema para Osaka (protegida pela baía), Kyoto (interior), Tóquio ou qualquer outro ponto ao norte de Tóquio - eles quase sempre são rebaixados a tempestades normais quando chegam ao continente. Da mesma forma, tufões sempre atingem a costa do Pacífico, e não o lado do Mar do Japão.
FWIW, morei no Japão por alguns anos e viajo para lá anualmente, e o início do outono é um dos meus momentos favoritos para viajar: não muito quente, nem muito frio, nem turistas demais. Isso também significa que você pode manter seus planos flexíveis e não precisa reservar muito, porque é fora de temporada. Apenas uma vez cheguei perto de ser incomodado por um tufão, e foi quando um deslizamento de terra pós-tufão fechou a estrada de Atami para Tóquio, prendendo um ônibus cheio de meus colegas por algumas horas. Eu, no entanto, tinha saído algumas horas antes e retornado de trem, que não foi afetado.