Sim
A regra atual para feitiços de domínio diz -
A cleric gains one domain spell slot for each level of cleric spell she can cast, from 1st on up. Each day, a cleric can prepare one of the spells from her two domains in that slot. If a domain spell is not on the cleric spell list, a cleric can prepare it only in her domain spell slot. Domain spells cannot be used to cast spells spontaneously.
Nada especifica de uma forma ou outra sobre metamagia. Aplicando metamagia a um feitiço de domínio, para fazer com que ele use um slot de nível mais alto, não vejo de forma alguma quebrar essas regras.