Você entendeu mal como o Shatter funciona.
Você só tem uma das duas opções ao conjurar a mágica:
1) Área de efeito:
Used as an area attack, shatter destroys non-magical objects of crystal, glass, ceramic, or porcelain. All such unattended objects within a 5-foot radius of the point of origin are smashed into dozens of pieces by the spell. Source (PFSRD)
Isso somente efetua objetos autônomos e, portanto, não afetaria qualquer coisa que seu alquimista esteja carregando.
2) Segmentado:
Alternatively, you can target shatter against a single solid non-magical object, regardless of composition, weighing up to 10 pounds per caster level. Targeted against a crystalline creature (of any weight), shatter deals 1d6 points of sonic damage per caster level (maximum 10d6), with a Fortitude save for half damage. Source (PFSRD)
Isso só pode ter como alvo um objeto, ou uma criatura crystaline , portanto, isso não afeta o Alquimista.Esta parte da descrição não menciona se o objeto deve ser autônoma. Seu Mestre poderia decidir que um objeto assistido poderia ser alvo, mas ainda assim receberia uma defesa, usando a Fortitude ou Vontade do Alquimista (deixo isso à critério do Mestre, porque isso não parece ser o efeito pretendido da magia). Tudo somado, se você for o Mestre, isso permite que usar o Shatter contra um Alquimista não seja muito diferente de separar a arma do Fighter.