O final de Flowers for Algernon é intencionalmente ambíguo. Algernon perde sua inteligência aprimorada e posteriormente morre; quando o mouse é autopsiado, há danos claros em seu cérebro. Charlie conclui, com base em uma análise do caso de Algernon, bem como o que aconteceu com outros ratos e para si mesmo, que sua inteligência vai desaparecer também. No entanto, ele nunca declara abertamente se espera que a decadência intelectual venha a matá-lo.
É um tema repetido nas últimas páginas do livro que Charlie irá embora. É assustadoramente ambíguo se ele quer dizer isso apenas literalmente, que ele simplesmente não consegue suportar estar perto das pessoas que o conheceram quando ele era um gênio, ou se ele quer dizer que ele espera morrer.
Além disso, no momento em que sua regressão está suficientemente avançada para que seja possível tirar conclusões claras sobre qual seria o seu destino final, Charlie não é mais capaz de avaliar a informação disponível. Ele mesmo provavelmente não sabe o que esperar, porque não é mais inteligente o suficiente para tirar conclusões confiáveis sobre o que está acontecendo. Enquanto o final pode ser assustador para o leitor, deve ser infinitamente mais para Charlie o personagem. Ele sabe que, no auge, ele teria sido esperto o suficiente para descobrir se estava morrendo ou não, mas a perda de inteligência o deixou incapaz de descobrir isso.