Com a recente compra da franquia Star Wars pela Disney, o antigo cânone tem um papel questionável. Anteriormente, a estrutura canônica tinha os filmes (G-canon) acima dos romances da UE (C-canon). O ponto-chave a ser observado é que a UE ainda era <> considerada canônica , mas Lucas era not beholden to it (isto é, ele poderia invalidá-la com novos filmes ou programas de TV se assim o desejasse).
Na Disney, as antigas obras da UE não são mais consideradas canon, sendo rebatizadas de "Legends", mas novas obras (aquelas que começam com New Dawn ) estarão em pé de igualdade com os filmes. Os trabalhos pós-ROTJ são explicitamente não-canônicos por enquanto, embora possam optar por incorporar elementos deles em novos trabalhos. Há rumores de que obras antigas (pré-Ep III) serão incorporadas ao novo cânone, já que o foco da Disney é principalmente na linha de tempo pós-ROTJ, mas isso já não está confirmado.
Portanto, em resposta à sua última pergunta: Sim, a partir de agora, todos os trabalhos da UE pós-ROTJ são não-canônicos .
No que diz respeito à sua primeira pergunta, não, nunca vi nenhuma tentativa de reconciliação em relação a isso na UE. Um dos temas centrais de Star Wars tem sido a luta entre o bem e o mal, e o equilíbrio dos dois, que nas obras da UE obviamente continuou muito depois da queda do Império. Lucas em várias ocasiões fez declarações e depois se contradisse, então uma declaração tão ampla deve ser tomada com um grão de sal. O ponto de vista da canonicidade de Lucas era mais restritivo do que as diretrizes estabelecidas por sua empresa, então você tem que escolher o quanto seguir um conjunto de diretrizes ou outro.
No que diz respeito a relacionar o Chosen One ao equilíbrio da força na UE, veja uma das duas principais respostas ( aviso de isenção: uma delas é minha ) para esta pergunta e observe que a resposta aceita faz referência à mesma citação, embora não da maneira que você estava perguntando.