Cozer com mel não é tóxico (até onde eu sei).
No entanto, a queima de mel até o ponto de carbonização pode ser - ele irá liberar fumos negros desagradáveis.
Dito isso, o mesmo aconteceria com qualquer outro açúcar, ou principalmente qualquer alimento, se você o queimar ao ponto de ser preto. Então, é tão prejudicial (ou inofensivo) quanto qualquer ingrediente.