Com Winterfell demitido, não estava mais seguro. Os Greyjoys poderiam facilmente ter retornado, ou outros inimigos dos Starks poderiam atacar. Bran também é (na época) o único herdeiro de Robb e tinha que ser protegido, então era mais seguro para eles irem ao Muro. Os Starks sempre foram antigos aliados da Night Watch, e Jon Snow também estava lá. Eles poderiam facilmente encontrar abrigo lá.
Final de temporada 3 spoilers:
Maester Luwin's fears proved to be true. The Boltons took advantage of the situation to overthrow their liege lords the Starks.