O script original do filme contém algumas informações úteis, incluindo várias cenas que foram escritas, mas não filmadas.
Eu destaquei a parte relevante:
YODA: Come on - hurry! Hurry!
The SURVIVING JEDI dash to the Gunships and scramble in. MACE WINDU hangs on tight as the Gunship, firing all its weapons, rises out of the arena up and over the topmost rim.
EXT. GEONOSIS, TERRAIN OUTSIDE EXECUTION ARENA - DAY
The massed lines of parked Federation Starships and the DROIDS surrounding the arena, are themselves surrounded by thousands of Republic Starships, disgorging TENS OF THOUSANDS OF CLONE TROOPERS. Beyond, more Republic Starships are landing and spewing out troops.
INT. GUNSHIP NUMBER ONE - DAY
MACE WINDU stares at the incredible sight.
Então a resposta é que os clone-troopers que chegaram na arena viajaram para lá em gunships e a maioria das tropas que desembarcaram, viajaram para lá em Republic Starships , que você pode ver claramente em vários das cenas de fundo