Não, não é o mesmo. Se esse é o caso para uma determinada jornada dependerá de alguns detalhes, mas, ao contrário dos EUA, não há exigência geral para pegar sua bagagem e passá-la pela alfândega ao entrar na Alemanha ou na UE. Normalmente, na Europa, sua bagagem será encaminhada para o seu destino final e você liberará a alfândega.
Você não forneceu muitos detalhes, mas espero que não seja necessário coletar sua bagagem neste caso. No entanto, formalidades de imigração (verificação de passaporte pela polícia, carimbo de entrada de Schengen, etc.) terão que ser concluídas em Munique.
Há algumas informações sobre o tempo de trânsito em Munique em São 1½ horas suficientes para um trânsito no aeroporto de Munique?