Não há motivo para isso ser um problema. No que diz respeito à área Schengen / Alemanha, é necessário ter um visto válido para cruzar o posto fronteiriço, no aeroporto de Munique, não antes.
A companhia aérea também verificará se você tem um visto, mas não é realmente uma exigência separada, apenas outra verificação de que você atende aos requisitos do país de destino (porque eles podem ser multados se trouxerem pessoas sem visto para o ponto de fronteira). ). Como o visto de sua esposa seria de fato válido quando ela precisar, eles devem entender que está tudo bem.