É certamente uma fermentação. Uma neutralização química simples não precisaria de muito tempo e não produziria um efeito duradouro.
Você pode estar certo de que há leveduras selvagens em todo lugar: no ar da sua cozinha, na sua flor de sabugueiro, provavelmente em seus utensílios, etc. É impossível dizer quais prevaleceram na fermentação, aquelas que você trouxe com a flor de sabugueiro ou as que vieram de outras fontes.