Wikipedia (grifo nosso):
Although Billy West stated in an interview that the name "Philip" was given to Fry by Matt Groening as a homage to the late Phil Hartman, for whom the role of Zapp Brannigan was created, Groening said during the 2013 Futurama panel at the San Diego Comic-Con that Fry was in fact named after Groening's father, Homer Phillip Groening,[6] who was also the namesake for Homer Simpson.
A inicial do meio "J" é comum no Groeningverse; compare Homer J. Simpson (e Abe e Bart para esse assunto). Essa é a homenagem de Matt Groening ao Rocket J. Squirrel e ao Bullwinkle J. Moose (fonte: every entrevista que ele já deu) ; que por sua vez foram nomeados para animador Jay Ward .
Quanto ao nome "Fry", fora do universo, é difícil encontrar algo nele. Talvez você esteja certo sobre a Fry's Electronics; talvez conote sua natureza mansa (ser o nanico da ninhada, o "pequenino"); talvez a consonância entre os nomes do viajante do tempo Philip J. Fry e viajante do tempo Michael J. Fox seja significativa ... quem sabe? Eu não, de qualquer maneira.
In-universo, S3E4 "A sorte dos Fryrish" revela que o pai de Fry o nomeou após a chave de fenda Phillips - e assim indiretamente após o empresário do início do século XX Henry F. Phillips .
No universo, Fry é chamado Fry porque esse era o nome de seu pai, é claro ... e era o nome de seu pai porque era o nome do marido de sua mãe pai.
It was also his father's father's name... but... well... hmm.