Se estiver voando, você não deixa o Reino Unido em nenhum passaporte, pois não há formalidades de saída.
Se viajar de trem ou por mar, a transportadora fará uma verificação de saída - neste caso, seu outro passaporte da UE fará, pois os cidadãos da UE têm liberdade de movimento.
E o que o Brexit tem a ver com isso? Isso não acontecerá até 2019 (mais provável).
De qualquer forma, você ficará bem.