RAW: Não
Em suma - extratos não são feitiços. Um alquimista não tem "feitiços", apesar das muitas semelhanças que os extratos têm com feitiços. A resposta RAW é um não.
Note que os extratos do alquimista também não são poções. Então, embora metamagia possa ser aplicada a poções, isso não é significativo aqui.
Da equipe de criação: não
Se essa resposta não satisfaz você, considere que James Jacobs (Diretor de Criação) respondeu a essa pergunta em um "pergunte-me qualquer coisa" nos fóruns da Paizo:
Danny Kesler: Can [an alchemist] select and benefit from metamagic feats? What about metamagic rods?
James Jacobs: No.
Fonte .