Eu acho que Bane queria que Pavel fosse considerado morto porque um cientista nuclear desaparecido iria trazer atenção desnecessária ao plano que ele estava forjando para destruir Gotham, e eu acho que mais cedo ou mais tarde sua conexão com o cientista poderia ter sido exposta se ele não fosse Não é suposto estar morto.
Há uma referência específica no filme quando Bruce Wayne fala sobre seu projeto de energia nuclear (quando ele está prestes a ir à falência, então ele tenta vender a idéia para Miranda para apoiá-lo) e durante a discussão foi mencionado que Pavel foi o único cara que poderia ajudá-lo com o sucesso da operação e quando Bruce pergunta sobre seu paradeiro, foi revelado a ele que ele foi morto em um acidente de ar (6 meses antes ou algo assim, esqueci a duração).
Espero que isso esclareça sua pergunta.