Série 7: "Viagem ao Centro da TARDIS"
Em uma das piores histórias da era Moffat (pelo menos na minha opinião), a TARDIS é resgatada pelos irmãos Van Baalan, e todo o inferno explode. Até Clara aprende o verdadeiro nome do médico. Então, com o "Big amigável botão-ex Machina", o doutor apaga naquele dia, e isso nunca aconteceu.
Eu adicionarei mais se eu encontrar / lembrar deles, mas eu sinto que este é um excelente exemplo, e porque o programa nunca deve fazer isso novamente.
ATUALIZAÇÃO:
Série 1: "Dia dos Pais"
Um bom exemplo de como tentar reescrever a história é uma má ideia. Rose Tyler quer voltar no tempo para o dia em que seu pai morreu. Ela fica toda emocional e salva sua vida. Os ceifeiros aparecem, para nunca mais serem vistos. Eu acho que foi uma boa ideia, mas nos próximos 10 anos nunca foi explorada, nem explicada novamente. No final do dia, o pai de Rose descobriu, e se sacrificou para que o tempo pudesse se estabilizar novamente, então não tenho certeza se isso conta.
Série 4: "As Águas de Marte"
Outro exemplo de "um não simplesmente reescreve a história". O Décimo Doctor quase enlouquece tentando salvar uma tripulação de astronautas em Marte que teve que morrer de qualquer maneira. Somos apresentados a um dos conceitos mais confusos de New Doctor Who: Pontos fixos no tempo. Mais uma vez, não tenho certeza se isso conta.
Quanto ao Doutor Clássico Who, eu não estou muito familiarizado com essas histórias, porque elas são tão difíceis de encontrar onde eu moro. Vamos esperar se alguém puder apresentar exemplos da era clássica.