Todas as outras respostas parecem muito boas, mas elas perdem alguma coisa. No universo, dramaticamente falando, há um outro motivo: os vilões fazem fortuna, os heróis, por sua própria natureza, tendem a permitir a redenção.
Heróis têm muitas histórias de origem e nem todas são boas; muitas vezes, uma história de fundo envolve o herói sendo um vilão (ou em seu caminho para se tornar um), até que um mesmo "o trouxe à razão" e causou a mudança para um comportamento heróico. Às vezes não é mesmo a vilania que estava no caminho dos heróis, mas o simples comportamento de auto-serviço. (Veja Peter Parker, por exemplo, até a morte do tio Ben.)
O vilão tende a matar; ele realmente não se importa com o estado da bússola moral de seu alvo (bem, excetuando situações em que o vilão vê um possível instrumento / aliado / qualquer coisa que possa ser transformada em mal.) O herói, por outro lado, só quer destruir (Matar) mal totalmente imutável, e como regra, não acredita que descreve a maioria dos vilões. O herói sempre quer deixar uma opção aberta para o bandido se tornar um dos mocinhos. Então, enquanto o vilão usa força letal, com a intenção de matar, o mocinho está sempre tentando não encerrar a redenção futura.
Dê uma olhada na página da TvTropes ' Heel Face Turn ' para ver muitos, muitos exemplos de o vilão se tornando um bom sujeito. É por isso que os bandidos mantêm seus phasers matando, e os mocinhos os mantêm atordoados.
(Dito isto, também é comum que males menores sejam 'claramente não-resgatáveis' e, portanto, um jogo justo para o abate instantâneo; geralmente feito com zumbis, demônios, etc. Mas eles não tendem a ser o 'vilão', mas apenas uma ferramenta que o vilão usa.)