Eu tenho várias razões plausíveis.
Segurança do transportador
Com relação a NOMAD (e também, presumivelmente, onde circunstâncias similares ocorrem em TNG: The High Ground e DS9: Trials and Tribble-ations ), o simples fato é que o transportador é especificamente orientado não para permitir que os objetos sejam destruídos, exceto em circunstâncias excepcionais e não sem esforço considerável por parte do operador. Ao tentar lançar uma bomba no espaço, você presumivelmente desejaria ter o mínimo possível de passos (e, portanto, pouco espaço para erros).
O Manual Técnico da TNG observa que não há menos do que dois recursos de segurança diferentes que devem ser anulados para desengatar o feixe de confinamento, embora ele mencione que essa técnica pode ser usada em substâncias perigosas como bombas se você desejar destruir eles. Meu palpite é que isso é algo que você faria se tivesse um pouco mais de tempo para se preparar.
Dispersal.
Disengaging the annular confinement beam will cause the materializing matter stream to have no reference matrix against which to form. In such a case, the transport subject will form in a random fashion, usually taking the form of randomly dissociated gases and microscopic particulates. Operator override of the transport autosequence can cause the ACB to be deactivated in order to allow the harmless dispersal of a highly dangerous transport subject such as an explosive device. Two safety interlocks prevent this option from being accidentally activated. Such dispersal is usually accomplished by transporting the subject into space.
NOMAD é paranóico
O NOMAD mostrou que é extremamente reativo a ameaças contra sua pessoa. Ele vaporizou os dois guardas que tentaram bloquear seu movimento e matou Scott por simplesmente tocar suas telas de energia.
Falar claramente para Spock ou Scott em um padrão disperso pode ser tomado como um ato de agressão e resultar no NOMAD tentando se defender.
Eles não querem destruir o NOMAD (pelo menos não para começar ...)
Quando eles encontram o NOMAD pela primeira vez, eles simplesmente não acreditam que um navio pequeno possa ser responsável pela destruição que eles encontraram. Eles também têm a impressão de que a sonda realmente abriga pequeninas pessoas . O NOMAD também sinalizou que sua intenção não é hostil. Starfleet não está no negócio de assassinar pessoas:
NOMAD [OC]: USS Enterprise, this is Nomad. My mission is non-hostile.
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SCOTT: What kind of intelligent creatures can exist in a thing that small?
SPOCK: Intelligence does not necessarily require bulk, Mister Scott.