A base militar certamente não era um "segredo", já que culturas primitivas de 35.000 anos foram contadas sobre sua localização pelos Engenheiros.
É seguro assumir que os Engenheiros nem sempre pretendem "matá-los todos", mas que em algum momento antes de 2000 anos antes da chegada da tripulação, eles mudaram seu ponto de vista sobre a humanidade. Shaw e David dizem isso no final do filme
Shaw: "They created us. Then they tried to kill us. They changed their minds. I deserve to know why."
David:...Does it matter why they changed their minds?
Quanto a por que eles disseram a localização de um de seus postos avançados, em vez de seu planeta natal, podemos apenas especular, embora pareça provável que tenha sido apenas uma precaução.
Nota: Revisei a cena que tinha os "convites" das culturas primitivas e todos, exceto um * dos desenhos, eram datados de BCE (de antes, quando nós conhecemos que o Engineer no posto avançado estava tentando matar todos os humanos). Isso parece corroborar a teoria de que esses desenhos realmente eram convites para conhecer, e que o Engenheiro simplesmente não havia mudado de idéia sobre nós ainda.
O último é havaiano, e é datado de 680 dC, o que não faz muito sentido em nenhuma interpretação do filme.