I need to know if I can travel directly from Cairo to Romania via my schengen visa or I have to enter first a schengen state then to travel to Romania.
Você pode viajar diretamente para a Romênia; supondo que você não tenha violado a regra 90/180 para vistos Schengen, seu visto é válido para a duração da sua estadia, e seu passaporte também é válido para a duração da sua estadia.
Also I want to know if i traveled from Cairo to Romania thru transit at Frankfurt, will my passport be stamped at Frankfurt?
Sim, será carimbado como este é o seu ponto de entrada na zona Schengen; mesmo se você estiver em trânsito.