Você está entendendo mal, há apenas um terminal em Zurique, mas com diferentes áreas de portões (A, B, D e E), dos quais A e B são usados para voos Schengen (como de / para Genebra ou Praga) ), e três áreas de check-in para os passageiros que saem (1, 2 e 3), o que é irrelevante para você desde que você está se conectando.
Você chegará na área A ou B e seguirá os sinais de transferência para a área apropriada, dependendo de onde o monitor de partidas lhe disser para ir. A maioria dos voos suíços sai de um portão A.
Independentemente disso, você deve estar bem, a menos que o vôo de Genebra esteja atrasado. Na pior das hipóteses, a Swiss tem que colocar você no próximo de graça.