Quando você fez diferentes registros antes, eu suspeito que eles tomaram menos aquecimento, e que o seu enchimento de queijo está parando a temperatura interna ficando tão alta quanto deveria. Isso poderia ser porque o queijo vai na geladeira fria e tem uma capacidade de calor maior do que o que você usou antes. O teor de água dos pimentões e queijo também pode não ajudar.
Em termos de solução, você precisa de mais tempo para que o calor atinja o meio. Eu duvido que apenas começando com o queijo à temperatura ambiente seria suficiente. Para evitar o escurecimento excessivo, você precisará reduzir a temperatura do forno, mas não em excesso ou a massa ficará muito pálida e novamente não será cozida. Isso levará um pouco de experimento, especialmente se você usar a abordagem de pré-aquecer o forno à temperatura atual recomendada e reduzir a temperatura ao colocar o alimento (o que pode funcionar bem, mas depende de quão bem o forno está isolado). Eu trabalho em Celsius, mas arredondando o meu palpite, você pode diminuir para 320F quando você colocá-los.